哈工大（深圳）现有理、工、管、经、文、艺6个学科门类，涵盖24个一级学科，设有10个学院、4个研究院。

哈工大（深圳）在办学过程中始终坚持立足国家重大需求、立足国际学术前沿，参考全球著名理工院校的专业结构，有的放矢地调整和凝练学科方向，积极扶持和发展新兴学科和交叉学科，实施专业类招生、专业类培养、专业方向毕业的培养模式。在24个一级学科中，有8个国家重点一级学科、14个全国第四轮学科评估A类学科、8个国家“双一流”建设学科、5个广东省“高水平大学建设计划”重点建设学科。